Um die wissenschaftliche Qualität der durch die Private Exzellenzinitiative geförderten Personen und Projekte sicherzustellen, wurde ein Wissenschaftlicher Beirat eingesetzt. Dessen Mitglieder zeichnen sich neben ihrer eigenen wissenschaftlichen Tätigkeit auch durch langjährige Kenntnis des deutschen Wissenschaftssystems, eine internationale Perspektive sowie ihre forschungspolitische Expertise aus.